加工贸易手册/账册备案首先要考虑的是用“料号级”备案，还是用“项号级”备案。机器设备由多个零部件构成，这些零部件在海关术语中称为料件，料号就是每个零部件的企业内部编号。而项号指的是手册/账册的料件项目数，有多少料件就有多少项号。
加工贸易企业最常用的是“项号级”备案，就是将多个零部件归并为一类来申报，无论在手册/账册备案，还是进口申报方面都很便利。料件归并有一定的原则，首先第一条是商品编码要一致，不同商品编码的料件关税率不一样，自然是不可以归并在一起的。通用零部件例如集成块，晶体管，电容，电阻，螺丝，弹簧等等可以按商品编码归类在一起。但是对于机器设备的专用零部件来说，同一个商品编号的零部件也不能笼统归并在一起，例如打印机零件，照相机零件，汽车零件，这种归并过于笼统，海关不接受这样的备案。所以其次第二条是按结构，功能来区分上述这些专用的料件，例如前盖，后盖，驱动组件，闪光灯组件，镜头组件等。最后如果还想分细一点就按零部件的价值再进行细分。
“料号级”备案则是不归并，机器设备由多少个零部件构成就备案多少个料件。在实际工作中往往不会对所有零部件都备案，尤其是价值非常小的，数量有非常多的零部件，例如螺丝，弹簧，垫片，还是会进行归并备案的。“料号级”备案在手册/账册备案的内容非常多，如果有上千的料件，那么每个成品就要对应上千的单耗数据（bom表），如果有十个以上的成品，就有上万条单耗数据。进口申报时也是个问题，每次进口几百项料件，一份报关单只能录入50项，就需要录入多份报关单，报关的工作量成倍增加，而且报关费用也会水涨船高。
有优点也会有缺点，反之也一样。“项号级”备案虽然方便，但存在几个”硬伤“。由于归并管理不到位而发生串料，造成在库误差。与企业的erp统计口径不一致，手册理论在库和企业实际在库无法比较。还有一项料件包括很多料号，在库误差无法分析等等问题。后续管理风险比较大。而“料号级”备案由于与企业的erp统计口径相匹配，再加上报关软件自动化管理，可以做到海关备案和企业生产”神同步“，后续管理风险大幅削减。
所以根据企业自身情况来选择用“料号级”备案，还是用“项号级”备案。中小型企业，零部件不多，进出口数量少，就使用“项号级”备案。大型企业零部件数量多，进出口量巨大，选择“项号级”备案，前期投入和后期管理的成本较大，但相对于有效降低后续管理风险来说还是值得的。