1、冰箱保存
一般大家都会选择用冰箱冷藏保存，这的确是不错的方法。但是，冷藏也要注意方法，不能就直接放进去，要将其放在碗中，用干净的清水将百合淹没，然后放入冰箱2-6℃的冷藏层进行保存，每天都要换一次水，这样一般情况下可保存4-5天左右，如果放在零下的冷冻层保存的话，大概可以保存三个月。
2、水果保鲜剂保存
百合商贩常用水果保鲜剂保存百合，选用对青霉有抑制效果的保鲜剂对百合进行保存。用果蔬专用液体保鲜剂浸泡百合10分钟左右，然后捞出，晾干即可。
3、真空保存
真空保存是百合保存中最实用的方法，将鲜百合洗净晾干后用真空塑料袋将其装起来，并用纸盒子装着，然后放在冰箱冷藏可以保存7-10天，冷冻可以保存半年，如果放在地窖或者放在泥土下层进行土藏的话，可以保存三个月到半年不等，当然，地窖保存的时间会比土藏保存时间要久。
4、泥土保存
用塑料袋将百合装好，把塑料里面的空气尽量除尽，然后放进一个坚实的塑料盒子里面。泥土保存其实和地窖保存的道理是相同的，但更加广泛实用一些，适合没有地窖的人。但效果较差，适合保存近一个月。
5、地窖保存
鲜百合放地窖里保存，由于地窖空气稀少、温度低，至少可以保存三个月以上。地窖里面的空气稀少，减少了鲜百合的有氧呼吸以及消耗的能量。另外地窖里面的温度较室外要低很多，进一步降低了植物的有氧呼吸作用，两者加起来足以使鲜百合保存很长的时间。
6、河水保存
若有条件，可以利用河水或池塘来保存，保存期与水温相关，较短，约为2周到6周。