近年来，为更高效保障进口食品质量安全，海关搭建覆盖食品进口报关代理全过程的治理体系，实行在进口前严格准入、食品进口报关时严格检验检疫、进口后严格后续监管“三段管理模式”。
1. 进口前严格准入
我国对肉类、乳制品、水产品、燕窝、肠衣、植物源性食品、中药材、蜂产品等8大类产品实施准入评估，海关总署对向我国出口相关食品的国家（地区）的食品安全体系进行评估和审查。只有完全符合我国规定要求的才可以向我国出口食品。
同时，海关对向中国出口肉类、水产品、乳品等食品的境外食品生产企业实施注册制度。海关总署会组织专家评审组对提出申请的企业进行审查，只有审查通过才能获准注册。
当然，获准注册也并不是一件一劳永逸的事。比如，为防范新冠肺炎疫情通过冷链食品进口报关代理输入风险，保护消费者身体健康安全，海关会对检出新冠病毒核酸阳性的进口冷链食品境外生产企业实施紧急预防性措施。
2. 进口时严格检验检疫
食品进口报关代理到达口岸后，海关会根据风险布控指令等监督管理的要求，对进口食品实施现场查验，以及取样送检。经检验检疫综合评定合格的，海关出具《入境货物检验检疫证明》，准予销售、使用。检出涉及安全、健康、环境保护项目不合格的，海关会责令当事人销毁，或者出具退货处理通知单，由进口商办理退运手续。
3. 进口后严格后续监管
按照要求，进口商要建立食品进口和销售记录制度，应以书面或者电子方式如实记录食品进口报关代理与销售的相关信息，保证全程可追溯。海关会对进口商进行后续监管，对于未建立并遵守食品进口记录和销售记录制度的食品进口商，海关会责令改正，给予警告或罚款，直至责令停止经营。
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