1、顶部过滤：顶部过滤也叫上部过滤，是最基本的一个过滤方式，操作简单，方便，用鱼缸用潜水泵把水抽到放有生化棉、生化球等滤材中，经过层层过滤再留到鱼缸中，适合各种鱼缸使用，过滤器体积不能太大，否则会影响鱼缸的美观度。
2、底部过滤：顾名思义就是过滤器材在缸底，一般来说把底砂、磁环等放到过滤清板上面，含氧水通过底砂缝隙，底砂上有较多有益菌繁衍，净化效果明显，一般来说底部过滤占用空间比较大，操作起来比较复杂。同时有可能导致底砂阻塞过滤通道，致使水体短路和水肥流失。
3、内部过滤：主要是将过滤装置沉入水中，滤材浸泡在水中，较利于有益菌的生长，噪声较小。物理过滤效果较差，比较适用一般适合于40～8o厘米中小型鱼缸使用
4、外部过滤：这种一般是把过滤器放到水族箱的底柜中，里面放置各种过滤器材，用管道与水族箱连接，不会占用鱼缸的空间。
5、瀑流式过滤器：瀑流式过滤器过滤与底部过滤的原理差不多，主要用鱼缸泵把水送到过滤糟中，流进滤材过滤再流入水中，因为净化后的水像瀑布一样流入鱼缸中，所以称为瀑布式过滤。此种方法简单，容易清洗，但有时候不利于消化细菌的生长，说道瀑布式过滤，最常见的就是超市里卖鱼的地方，上下几层，层层流下，形成一个循环。