医疗器械进口报关手续流程主要包括以下步骤：
1. 准备报关资料：包括进口合同、发票、装箱单、提单、商检证书、产地证明、报关委托书等。
2. 选择报关代理：可以选择专业的报关代理公司进行报关操作，代理公司会根据进口商的需求提供相应的报关服务。
3. 缴纳关税和增值税：根据海关规定，进口医疗器械需要缴纳关税和增值税，进口商需要在规定时间内缴纳相应的税款。
4. 办理商检手续：医疗器械进口需要办理商检手续，商检机构会对医疗器械的质量、安全性等方面进行检验。
5. 海关查验和放行：海关会对医疗器械进行查验，确认无误后才会放行。
6. 办理进口许可证：根据国家相关规定，部分医疗器械需要办理进口许可证，进口商需要在规定时间内办理相关手续。
7. 办理其他手续：根据实际情况，可能需要办理其他手续，如特殊用途化妆品备案、医疗器械注册等。
总之，医疗器械进口报关手续繁琐，需要进口商仔细准备相关资料，选择专业的报关代理公司进行操作，确保进口医疗器械的合法性和安全性。