决定集装箱海运价格的因素很多。由于海洋运输的复杂性，并且随着航运市场船公司队伍的越来越壮大以及各国贸易交流的愈加频繁，集装箱海运价格的变化越来越频繁。但是无论怎么变，决定集装箱海运价格的最基础的几点因素都不会变。
首先，货物性质及数量决定集装箱海运价格。显然，运价的高低是按货物种类的不同而定，通常货物本身价值高者其运费率亦较价值低的货物的运费率高;货物积载因数的不同影响到舱容的利用率，自然运费率亦不同;货物批量少的运价通常要高于大批量的货物运价;货物数量的多少也影响舱位和船舶吨位的利用率。当会造成较大运力浪费时，其运价亦应较高。
其次，货物始发地和目的地决定集装箱海运价格。货物始发地与目的地的不同涉及到港口水深、装卸作业条件、港口使费水平、港口间的计费距离、航次作业时间的长短以及是否需要通过运河、航线上是否有加油港及当地的油价等众多因素影响航线成本与营运经济效益。显然，港口及航线条件好者因船舶经营者能以较低的成本获得较好的效益其运费率亦应低于条件差者。